1 生物有机肥与化肥相比：
1） 生物有机肥营养元素齐全；化肥营养元素只有一种或几种。
2） 生物有机肥能够改良土壤；化肥经常使用会造成土壤板结。
3） 生物有机肥能提高产品品质；化肥施用过多导致产品品质低劣。
4） 生物有机肥能改善作物根际微生物群，提高植物的抗病虫能力；化肥则是作物微生物群体单一，易发生病虫害。
5） 生物有机肥能促进化肥的利用，微生物有机肥，提高化肥利用率；化肥单独使用易造成养分的固定和流失。
生物有机肥与农家肥(生鸡粪)、磷酸二铵复合肥配比要合理给瓜果施肥的原则施生物肥要优质，有机肥要腐熟，化肥要元素全(根据瓜果种类不同合理配比)。在施用时应注意，生鸡粪盐过多，磷酸二铵磷过多(18个氮、46个磷)，复合肥氮、磷、钾配比为15：15：15或16：16：16或17：17:17，生物有机肥，如果选用时，一定要先计算，再配比，后施用。
另外，生物有机肥穴施更重要，特别是茄果类蔬菜，重茬现象不可避免。即使补施了一些生物肥、微肥，生物有机肥配方，由于受温度、湿度、透气性、有机质等条件的影响，再加上幼苗根弱的原因，生物菌有机肥，很难快速发挥作用，如果穴施生物有机肥，一方面可快速促进活跃土壤，提高土壤透气性，促进根系快速生长发育;另一方面可缓解因有机肥不腐熟、化肥没分解形成养分的空缺，及时供给根系养分，给根系一个良好的生长环境，促进团根早形成。
生产工艺
生物有机肥的生产工艺主要是其中有机肥从生产原料到半成品的生产工艺。
在生产上主要应用的生产工艺有两种，一种是平面条垛式堆肥工艺，一种是槽式好氧发酵工艺。此外，实验室小规模试制还有采用密封箱/罐式发酵。
1、平面条垛式堆肥工艺。
生产流程图：原料处理--加菌--混合--建跺--翻堆--二次加菌--混合--检验--包装--出厂
优点：投资小、工艺相对简单
缺点：占地面积大、腐熟不彻底、二次污染严重。
2、槽式好氧发酵工艺。
生产流程图：原料处理--加菌--混合--入槽--翻堆--二次加菌--混合--检验--包装--出厂
优点：腐熟彻底、产品质量高、二次污染小
缺点：设备投入大、投资大
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